Le priorità dell'Università Italo Francese vengono fissate da un Consiglio strategico (CoS).

L'esecuzione delle attività è assicurata:

• dal Consiglio esecutivo (CE) costituito, per ogni Parte, da tre rappresentanti della comunità universitaria e scientifica,
• dai segretariati UIF/UFI.

I segretariati hanno sede per l'Italia a Torino e per la Francia a Grenoble.