L'Université Franco Italienne met en place des appels à projets dans le cadre de coopérations entre établissements français et italiens et soutient, en particulier :
- Des cours binationaux de niveau Master qui prévoient la délivrance de doubles diplômes ou de diplômes conjoints (Appel à projets Vinci)
- Des contrats doctoraux (Appel à projets Vinci)
- La mobilité des doctorants en cotutelle (Appel à projets Vinci)
- L'insertion post-doctorale (Appel à projets Vinci)
- La mobilité des chercheurs, pour des projets internationaux qui prévoient la collaboration et l'échange de groupes scientifiques italiens et français (Appel à projets PHC Galilée)
- Des activités d'enseignement auprès des universités italiennes adressés à des professeurs, chercheurs ou professionnels de haute renommée provenant d'institutions universitaires ou de recherche françaises (Programme d'accueil de Professeurs invités - initiative uniquement italienne)
- Des congrès, cours, conférences universitaires, manifestations culturelles franco-italiennes (Appel à projets Label scientifique UFI/UIF).