Les priorités de l'Université Franco Italienne sont fixées par le Conseil Stratégique (CoS).

La mise en place des activités est assurée par :

• le Conseil Exécutif (CE) constitué, pour chaque partie, de trois représentants de la communauté universitaire et scientifique,
• les secrétariats UFI/UIF.

Les secrétariats ont leur siège pour la France à Grenoble et pour l'Italie à Turin.