Parmi ses objectifs, l'Université Franco Italienne compte la promotion et le soutien de la recherche et de l'innovation de qualité scientifique et culturelle dans un contexte franco-italien. Dans cette optique, l'UFI lance en 2020 deux concours pour l'attribution de prix destinés à distinguer l'excellence individuelle sur des thématiques d'intérêt commun:

Prix UFI/UIF
Il s'adresse aux candidats de toute discipline scientifique, qui doivent produire un projet innovant ou un projet de recherche sur une thématique différente chaque année, choisie par le Conseil Exécutif. Le candidat peut appartenir à un organisme public ou privé, une institution universitaire et/ou un centre de recherche, une association ou une entreprise (dont le siège se trouve en France ou en Italie).

Prix de thèse en cotutelle
L’objectif est de distinguer des docteurs ayant déjà bénéficié d'un financement UFI dans le cadre du programme Vinci. Les prix (un pour les sciences humaines, et un pour les autres domaines scientifiques) sont attribués aux meilleures thèses en cotutelle, selon l'originalité, l'innovation, l'excellence scientifique et la qualité de rédaction des travaux menés.